消化道肿瘤主要包括食道癌、胃癌、肠癌和肝胆胰腺癌肿瘤。在治疗方面，中医肿瘤科采用国际规范化疗方案，放射治疗、免疫治疗和中医药结合，形成一套综合治疗，并且根据每个病人的肿瘤分期、生物学特性和病人体质的中医“证型”进行“个体化”治疗方案的裁剪，最大程度提高病人治愈率和生活质量，充分做到“以人为本”的医疗理念。近年来，中医肿瘤科在国内率先开展了“5-Fu生化调节化疗”、“中药预防和治疗大肠癌肝转移”、“中西医结合治疗胃癌、大肠癌综合方案的应用”、“中药防治化疗性腹泻的研究”等研究课题，先后获得部级、局级科研资助，并获得北京市科技进步奖、中日友好医院科技进步奖，在国内外学术界受到好评。
中医肿瘤科副主任贾立群教授，每周二下午出专家门诊，主治消化道肿瘤，对疑难病例，可负责联合腹外科、放疗科、内镜科专家联合会诊诊治，制定综合治疗方案。